• Hakodate (Hokkaidō)Menjadi bandar istimewa pada 1 November 2000, serta mendapat status bandar utama pada 1 Oktober 2005.
• Shimizu (Wilayah Shizuoka)Menjadi bandar istimewa pada 1 April 2001; pada 1 April 2003, bandar ini telah bergabung dengan bekas bandar utama Shizuoka untuk membentuk bandar utama baru Shizuoka; dan akhir mendapat status bandar terancang pada 1 April 2005. Bekas bandar Shimizu merupakan satu-satunya bandar yang pernah menjadi bandar biasa, bandar istimewa, bandar utama, serta bandar terancang.
• Shimonoseki (Wilayah Yamaguchi)Menjadi bandar istimewa pada 1 April 2002; kemudia diturunkan status bandar istimewa apabila bandar Shimonoseki bergabung dengan bekas bandar Kikugawa, Toyota, Toyoura, dan Hōhoku untuk membentuk bandar baharu Shimonoseki; akhirnya mendapat status bandar utama pada tahun 2005.
• Morioka (Wilayah Iwate)Menjadi bandar istimewa pada 1 November 2000; mendapat status bandar utama pada 1 April 2008.
• Kurume (Wilayah Fukuoka)Menjadi bandar istimewa pada 1 April 2001; mendapat status bandar utama pada 1 April 2008.

Bandar-bandar yang telah memenuhi syarat kelayakan tetapi masih belum lagi dirancang menjadi bandar istimewa

Berikut merupakan bandar-bandar istimewa yang mempunyai kadar populasi penduduk melebihi 200,000 orang tetapi masih belum lagi dirancang untuk dijadikan sebagai bandar istimewa (Bandar-bandar yang dijadualkan untuk menjadi bandar istimewa tidak disenaraikan di sini)